2015-2016年，学校为了适应国家和上海市教育事业发展的新形势和新常态，开创“十三五”教育事业发展的新局面，结合上海市教委相关要求，在2014年开展的“十三五”规划初步研究的基础上，于2015年3月正式启动了“十三五”发展规划编制工作。
学校成立了“十三五”规划编制领导小组与工作小组，制定和发布了“十三五”规划编制工作方案。学校“十三五”规划由1个总规划、10个专项规划、各职能部门和二级学院（部）规划构成。四类规划在整个规划体系中是互相支撑和互相补充的关系，围绕人才培养、科学研究和社会服务三大职能主线，较为全面地涵盖了教育教学、师资队伍、学科专业、科研、产学研、办学条件、民生工程等学校教育事业发展的主要任务。
“十三五”规划编制框架和内容的设计更加突出改革创新，深入贯彻中央“四个全面”的战略布局，主动适应经济“新常态”和社会发展新趋势，力求紧密结合国家、地方、行业和社会发展需要，充分领会中央、上海市支持地方高校发展的相关政策精神，联系学校实际，勇于突破制约学校各项事业发展的瓶颈问题；并认真研究“十三五”期间需要突破的难点，以及一批关系学校发展全局、影响深远、辐射带动作用明显的重点建设项目。
在编制“十三五”规划期间，各项编制工作严格按照校内制定的编制工作方案的任务和时间进度，坚决落实科学编制的工作理念：坚持目标责任和分工合作相结合、坚持大胆设想与小心求证相结合、坚持突破难点与落实重点相结合、坚持学校主导和民主参与相结合、坚持科学规划和有效落实相结合。遵循科学编制的程序：在开展前期研究的基础上，学校总规划与专项规划和子规划协同推进编制工作；组织专题调研和辅导报告会，提升规划编制的思想认识水平和编制水平；广泛征集校内外专家、学术委员会、教师代表、学生代表、校友等的意见；增强校院两级规划的互动衔接。
学校“十三五”规划草案数易其稿，于2016年4月递交学校教代会讨论；5月经党委会审议后，根据教委要求报送规划（草案）和简写版；9月下旬起主动对接新发布的《上海市教育改革与发展“十三五”规划》进行局部修改，10月中旬提交校长办公会讨论后报备教委。